我院研究生教育始于1984年，2010年起正式以中国农科院甘薯研究所名义招生，2020年首次在中国农科院招收博士研究生。2001年，我院与江苏师范大学合作招收硕士研究生，2013年合作招收博士研究生。

我院现有研究生导师15人，研究方向涵盖作物遗传育种学、作物栽培与耕作学、生物学以及植物保护学，现有在读研究生40余人，已培养硕博士研究生50余人，其中多名研究生荣获北京市普通高等学校优秀毕业生称号。

另外，我院长期与中国矿业大学、海南大学等学校保持密切联系，联合培养硕博士研究生，为国家输送专业型人才。